Растительность национального парка Койгородский характерна для европейского сектора природной зоны тайги, в чем и состоит ценность этой ООПТ . Только здесь остались большие участки первичных, то есть никогда не вырубавшихся, елово-пихтовых лесов.

Национальный парк Койгородский находится в пограничной полосе природных подзон средней и южной тайги. Они различаются по составу флоры –видам растений, характерных для тех или иных ландшафтов, а также частоте их встречаемости. В южной подзоне присутствуют растения хвойно-широколиственных ландшафтов. В средней тайге произрастают только типично таежные виды. Четкую границу между подзонами на равнинных территориях провести невозможно. Поэтому разные авторы могут помещить одну и ту же местность в разные подзоны.

Например ученые-лесоводы прошлого века Б.П. Колесников и Л.В. Попов считали участок Тулашор заповедника Нургуш эталоном Средней тайги. В современных источниках ландшафты национального парка Койгородский, находящегося севернее, относят к Южной подзоне. Это не самое главное. Основное – что там на самом деле растет, что надо охранять, показывать туристам и изучать. В какую природную зону определить местность – это можно обсуждать долго. На то и нужна наука, чтобы вести дискуссии, в которых рождается истина.

Самые ценные в природоохранном и научном отношении эталонные елово-пихтовые леса занимают лишь небольшую часть национального парка – примерно одну пятую долю от всей территории. Старые ели достигают высоты почти 30 м. Остальные леса – это производные растительные сообщества, образовавшиеся на месте гарей и ветровалов.

На сегодняшний день самые распространенные леса на территории национального парка – осиново-березовые. Встречаются громадные осины в возрасте до 150 лет. При этом под пологом таких мелколиственных лесов идет естественное возобновление. В подросте – нижнем ярусе из молодых деревьев – преобладает ель. Охраняемый режим ООПТ дает возможность восстановиться первозданной природе.

В елово-пихтовых лесах национального парка Койгродский сохранились уникальные мхи и лишайники, исчезнувшие в остальной Европе из-за вырубок. Впечатляющий пример – уснея длиннейшая. Это лишайник, растущий на ветвях деревьев, свисающий с них нитями длиной в десятки сантиметров. В труднодоступном лесном массиве национального парка много мертвой древесины, которая разлагается годами. Это – идеальные условия для развития лишайников, мхов и грибов разнообразных форм, например плесени. Мир низших растений изучен недостаточно. Предполагают, что здесь могут быть найдены виды, еще не известные науке.

Немного более подробно о флоре национального парка Койгородский. Растет крушина ломкая – самый распространенный кустарник таежных лесов. На соседнем участке заповедника Нургуш встречается калина. Это растение характерно для более южной части лесной природной зоны. Здесь она есть. В травянистом ярусе распространены характерные для ельников кислица, седмичник и майник двулистный, а также всеми любимый кустарничек черника. Много папоротников.

В древостое встречается липа. Она характерна для соседней природной зоны хвойно-широколиственных лесов. То, что она есть – аргумент, чтобы уверенно отнести территорию национального парка, а также Койгородского района в целом, все-таки к южной, а не к средней тайге.